Quello formato dalla chiesa di san Pietro e dal battistero di San Giovanni, insieme alla chiesa di Santa Maria Maggiore, costituisce il secondo polo, dopo il santuario micaelico, legato al culto e alla devozione nella cittadina garganica consacrata all’arcangelo Michele.

Pochi metri dividono il colonnato della Basilica di San Michele dalla più antica chiesa del paese. San Pietro, sede della prima parrocchia cittadina, venne demolita nel 1894, per ragioni storiche. Di essa ci è pervenuta la facciata rifatta nel Settecento, con un bel rosone traforato risalente al XVI secolo, formato dall’intreccio di quattro sirene.

Da scavi effettuati nel pavimento della chiesa, sono state portate alla luce numerose sepolture e le tracce di un pavimento più antico. In origine la chiesa era tre navate e solo sul finire del XII secolo fu trasformata in una sola navata del tutto scomparsa.
Della costruzione romanica, oltre alla facciata e a frammenti architettonici e scultorei, custoditi presso la scuola elementare di Monte Sant’Angelo, non rimane che la grande abside, con undici nicchie scavate nella sottostante tribuna, simboleggianti Gli apostoli: la nicchia centrale, più grande delle altre, rappresenta San Pietro.

Tradizionalmente si è sempre ritenuto che l’area su cui sorgeva il San Pietro più antico fosse da identificare con quella antistante l’abside oggi ancora visibile. Studi recenti basati sulla rilettura delle fonti e su analisi specifiche hanno portato all’ipotesi che l’edificio altomedievale dedicato a San Pietro, quello ricordato nel Liber de apparizione, potesse sorgere sull’area occupata dal San Giovanni. In seguito la dedicazione a San Pietro sarebbe stata trasferita all’edificio costruito ex novo verso ovest; la vecchia chiesa, di dimensioni assai contenuta, sarebbe stata dedicata a San Giovanni Battista, diventando edificio battesimale in funzione del nuovo polo religioso che a sud avrebbe visto la costruzione della chiesa dedicata alla Vergine.