Nella Grotta dell’Arcangelo sono presenti diversi altari racchiusi dentro a nicchie.

Subito a destra dell’entrata alla Grotta dell’Arcangelo, si trova l’altare barocco di San Francesco, fatto costruire dalla guarnigione di soldati spagnoli di stanza a Monte Sant’Angelo nel 1675. In una nicchia sottostante la mensa si legge la lettera T (tau) dell’alfabeto greco, che secondo la tradizione sarebbe stata impressa dal Santo nel 1216 nel corso di un suo pellegrinaggio compiuto al Gargano.

In una cavità a sinistra dell’altare, è sistemato l’altare della Madonna, accanto alla sorgente del Pozzetto, da cui stilla un’acqua ritenuta miracolosa. Nella parete, racchiuse dentro nicchie, si trovano tra rozze ma interessanti sculture in pietra: una risalente all’XI secolo raffigurante la Trinità; una risalente all’XIII secolo raffigurante una Madonna delle Grazie; una risalente all’XIII secolo raffigurante San Matteo.

Addossati lungo la parete sinistra della grotta, su cui si notano antiche sculture intagliate nella roccia, si trovano l’altare di San Pietro, risalente al VIII-IX secolo, in cui predomina lo stile bizantino e l’altare del Crocifisso, risalente al XVII secolo, sormontato da un baldacchino, tipico esempio di barocco napoletano.

A destra di questi due altari si trova il trono reale, una costruzione ottocentesca risalente all’VIII-IX secolo circa, realizzata con materiali antichi di recupero, come i due bassorilievi ai lati della base, in cui sono raffigurati, in uno San Michele che calpesta il drago, e in uno San Michele che pesa la testa di un peccatore.