Dopo aver sceso gli ottantanove gradini, si giunge nell’atrio antistante l’ingresso della Grotta dell’Arcangelo.

Nel fondo, su sei gradini semicircolari, si trova una Porta bronzea, che, come indica un’iscrizione incisa nei battenti, fu eseguita a Costantinopoli e donata al santuario nel 1076 da Pantalene Commeno, un ricco mercante di Amalfi. I battenti sono formati da dodici formelle ciascuno raffiguranti storie di angeli, tratte per lo più dal Vecchio e dal Nuovo Testamento. La tecnica usata è quella dell’incisione ad agemine, caratteristica dell’arte bizantina, consistente nell’intarsio di lamine di argento, oro e rame su un altro metallo con effetti policromi.

Nella porta di San Michele l’ageminatura è realizzata in argento. Oltre all’iscrizione dedicatoria menzionata, ne esistono due in cui il donatore supplica la salvezza dell’anima e una terza in cui invita i rettori della chiesa di San Michele a far ripulire le porte almeno una volta l’anno: “Rogo et adiuro vos rectores S. Angeli Michaelis ut semel in anno detergere faciatis has portas sicut nos nunc ostendere fecimus ut sint semper lucidae et clarae“.

Al di là della soglia si apre una navata a tre campate, alta 15 metri, lunga circa 20 e larga 5, con archi a sesto acuto e volte a crociera. La costruzione, mirabile per semplicità e severità architettonica, è da annoverare fra i primi esempi dello stile gotico in Italia. Fu voluta da Carlo I d’Angiò, che nel 1273 ne affidò la realizzazione ai maestri Giordano e Maraldo da Monte Sant’Angelo.

I muri perimetrali di sinistra sono sostenuti da massicci contrafforti e prospettano sulla valle sottostante; la parte di destra poggia sull’arco d’imboccatura della caverna. L’ambiente, privo di finestre, è immerso in una suggestiva penombra, interrotta a tratti dalla luce incerta delle candele.

In fondo alla navata, nella zona absidale, è alloggiato il barocco altare del Sacramento, con le statue di San Giuseppe, San Nicola e Sant’Antonio, costruito nel 1690. Nell’estrema parte della Grotta dell’Arcangelo è situato l’altare con la belle statua di San Michele, realizzata in marmo bianco di Carrara nel 1507 da Andrea Sansovino.

A sinistra dell’altare è situata la cattedra episcopale risalente alla metà dell’XI secolo; scolpita in un unico blocco di marmo, poggia su due leoni accovacciati, con la spalliera a finissimi intrecci, di gusto arabo-bizantino, e due formelle a rilievi ai lati, che preludono alla nascente arte romanica.