Secondo la tradizione, il santuario di San Michele Arcangelo ha origine nel 490, anno della prima apparizione dell’Arcangelo Michele sul Gargano.

Il primo edificio cristiano, progettato secondo i canoni stilistici delle chiese preromaniche, fu costruito originariamente nella parte inferiore della grotta.

L’ingresso, rivolto a occidente, si trovava sulla strada di circonvallazione, molto più in basso del pavimento della basilica. Di qui avave inizio una lunga galleria, sostenuta da archi e pilatri, terminante in una scala tortuosa che conduceva alla sovrastante cripta.

Di fianco all’entrata si trovavano degli alloggi per eremiti, poi trasformati in sepolcri. Successivamente, tra il VII e il VIII secolo, fu edificata una basilica a cui si accedeva attraverso la primitiva chiesa-grotta.

Gli scavi effettuati a partire dal secondo dopoguerra hanno portato alla luce, oltre all’antico ingresso, il piano di calpestio e la copertura a volta della basilica, insieme ad interessanti resti di iscrizioni e affreschi paleocristiano e di età longobarda.

Se si escludono alcuni lievi cambiamenti apportati dai Normanni e dagli Svevi, lastruttura di questa seconda chiesa restò sostanzialmente immutata fino al XIII secolo, quando con gli Angioini il santuario fu radicalmente trasformato in quello che appare oggi.